Ο Κώστας Γαγανάκης διδάσκει πρώιμη νεότερη ευρωπαϊκή ιστορία στο Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του ΕΚΠΑ. Κύρια πεδία ενδιαφέροντός του, η Γαλλία στη διάρκεια των Θρησκευτικών Πολέμων (16ος-17ος αιώνας), η ιστοριογραφία της Μεταρρύθμισης, τα ευρωπαϊκά κυνήγια μαγισσών (16ος-18ος αιώνας). Πρόσφατες δημοσιεύσεις, “Calvinist Debates on History: Historia Sacra, Historia Humana”, The Oxford Handbook of Calvin and Calvinism, B. Gordon, C. Trueman (eds), OUP, 2022, «Προτεσταντικές αποτυπώσεις του Νέου Κόσμου στη Γαλλία των Θρησκευτικών Πολέμων», Τοπικό, Διεθνικό και Παγκόσμιο στην Ευρωπαϊκή Ιστορία. Κινητικότητες, Συναντήσεις, Ιεραρχήσεις, Α. Διαλέτη, Ρ. Μπενβενίστε, Γ. Πλακωτός (επιμ.), Θεμέλιο, 2023, «Πολεμώντας τη λήθη: Εθνικό αφήγημα και προτεσταντική ιστοριογραφία στη Γαλλία των Βουρβόνων», Μνήμων, 42, 2026 (υπό έκδοση).